中國醫學科學院成立于1956年，北京協和醫學院成立于1917年，中國醫學科學院北京協和醫學院自1957年起實行院校合一的管理體制，是我國最高醫學研究機構和領銜醫學教育機構。院校始終牢記初心使命，以引領我國醫學科技教育發展和維護人民健康為己任，教育人才輩出，科研碩果累累，醫療領銜行業，為我國現代科學醫學體系的建立和發展做出了重要貢獻。
建立之初，北京協和醫學院開創了我國八年制醫學教育、高等護理教育、住院醫師培訓制度和現代公共衛生教育，取得了“北京猿人研究”“單體麻黃素提取”“黑熱病研究”等一系列重要成果；中國醫學科學院在脊髓灰質炎疫苗研發、全國控制和基本消滅麻風病、根治絨毛膜上皮癌化學療法的創建與推廣、我國抗生素自主研發和工業化生產等方面做出了創造性貢獻。院校培養了包括張孝騫、張錫鈞、鐘惠瀾、林巧稚等在內的55位醫藥衛生領域兩院院士，為解放軍總醫院、北京醫院、中國疾病預防控制中心、軍事科學院軍事醫學研究院、首都醫科大學、北京安貞醫院等國內眾多重要醫學和衛生機構的建立提供了人才與技術支持。
目前，院校已發展成為擁有21個研究所、6家附屬醫院、10個學院、105個院外研發機構，集醫教研產為一體的國家級綜合性醫學科學研究機構。院校現有兩院院士29人、國家杰青65人，博士生導師1032名、碩士生導師1231名；擁有國家“雙一流”建設學科5個，一級學科博士學位授權點9個，在教育部第五輪學科評估中有7個A類學科；擁有全國重點實驗室11個、國家臨床醫學研究中心5個、其他國家級科研基地15個、省部級實驗室71個等。院校直屬北京協和醫院、阜外醫院、腫瘤醫院、整形外科醫院、血液病醫院和皮膚病醫院等6所醫院，集醫院、研究所和教學機構于一體，形成了國內領銜、國際先進的醫療與醫學研究、教育體系。
隨著中國特色社會主義進入新時代，院校發展進入新百年、新甲子，院校上下深入貫徹落實習近平總書記“努力把中國醫學科學院建設成為我國醫學科技創新體系的核心基地”重要指示精神，堅持科技創新“四個面向”總要求，積極與社會主義現代化強國建設目標對標對表，秉持“承啟文化、健全體系、創立機制、拓展資源”的工作方略，在國內率先實施“4＋4”醫學教育模式、開創卓越護理人才貫通培養改革試驗班、與杰出高校共創“協和醫班”、建立高水平本碩博一體的藥學培養體系、率先實施醫學類準聘長聘教職聘任改革，組建中國醫學科學院學術咨詢委員會及7大學部，持續實施中國醫學科學院醫學與健康科技創新工程，加快建設以院校所院、院外研發機構和國家衛生健康委重點實驗室為主體的開放型國家醫學科技創新體系，積極深化拓展各項國際交流合作，將院校打造成為國家醫學研究和教育事業的先進思想源和強勁動力源，為我國人民健康、醫學科學事業和醫學教育事業發展作出新的更大貢獻。
