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李宗恩生于1894年9月26日，江蘇常州人。早年入上海震旦學校學習法文，后赴英國留學。1920年，他畢業(yè)于英國格拉斯哥大學，獲醫(yī)學學士和化學學士學位。1922年，他在倫敦大學倫敦衛(wèi)生和熱帶病學院獲得熱帶病學和衛(wèi)生學博士學位。1921年4月至9月，參加英國皇家絲蟲病委員會赴西印度考察熱帶病，隨后任職于格拉斯哥西部醫(yī)院，至1923年回國。1923年至1937年任職于北平協(xié)和醫(yī)學院，歷任助教、準教授、副教授、襄教授、教授。1937年全面抗戰(zhàn)爆發(fā)后，李宗恩奔赴西南參加抗戰(zhàn)工作，籌建了貴陽醫(yī)學院，并于1938年至1947年5月?lián)涡ｉL和熱帶病學教授。

抗戰(zhàn)勝利后，李宗恩于1947年5月31日就任北平協(xié)和醫(yī)學院校長，主持復校工作。1948年獲選為第一屆中央研究院院士。中華人民共和國建國后，李宗恩歷任北京協(xié)和醫(yī)學院校長、中華醫(yī)學會副會長。1957年，李宗恩被錯劃為“右派”，隨后到昆明醫(yī)學院工作。1962年，李宗恩病逝于昆明。