1890年，劉瑞恒生于天津市。10歲時被送進英國人在當地創辦的“新學書院”。1903年入天津北洋大學。1906年，直隸總督袁世凱下令選派一批青年到美國留學。經學校保送，他獲得了公費留學美國的資格，入哈佛大學讀書。1909年他獲得理學學士學位，因對醫學發生了濃厚的興趣而決定入哈佛大學醫學院學醫，專攻外科。1913年，他獲得醫學博士學位。1913－1915年，在美國波士頓市立醫院任實習醫師。1915年，劉瑞恒回國，先在上海紅十字會和中國哈佛醫學院工作。1918年，經由伍連德推薦，他來到北京協和醫學院任外科醫師。
1924－1926年，劉瑞恒任北京協和醫院代理院長，成為協和醫院首位中國人院長。1926年，劉瑞恒升任協和醫院院長。1926－1928年，劉瑞恒被選為中華醫學會理事長。1928年，劉瑞恒被南京國民政府任命為衛生部次長，主持常務工作。1929年，他兼任北平協和醫學院校長，成為協和首位中國人校長。1929年至1930年，劉瑞恒代理衛生部部長。1931年南京國民政府將衛生部縮編為內政部衛生署，劉瑞恒改任衛生署署長，直至抗戰，同時兼任中央禁煙委員會主任委員和軍醫署署長。
1937年，國民政府任命劉瑞恒為后方軍事委員會衛生勤務部部長，負責管理軍醫業務。當時后方急需藥品，他受政府派遣，于1939年在香港組建協和藥品有限公司，并擔任總經理，主持制造各種西藥運往后方。太平洋戰爭爆發后，香港很快淪陷，劉瑞恒又轉道至美國華盛頓，在1942－1945年間，任中國駐美國華盛頓物資采購團代表，設法為后方獲得了美國方面提供的價值六、七千萬美元的醫藥物資。
抗戰勝利后，劉瑞恒于1946年任美國醫藥援華會主任，兼任國民政府行政院善后救濟總署衛生委員會主任，辦理戰后全國各地衛生機構、醫院和醫學校等方面的恢復工作。在他幫助之下，衛生部防癆委員會相繼在北平、天津、南京、上海、廣州、重慶、青島、臺灣等地建立起了結核病防治中心。
1949年后，劉瑞恒到了臺灣，主持“臺灣地區醫療衛生委員會”，擔任當地紅十字會長、防癆協會常務理事、臺灣省血清疫苗制造所審議委員會和環境衛生指導委員會主任委員。在臺灣，劉瑞恒繼續開展工作，把發展醫學與促進公共衛生工作相互配合，成果卓著。他又爭得美國醫學界的支持，資助本地醫學教育機構和公共衛生工作人員赴美深造。1961年8月，劉瑞恒病逝于美國紐約。
